Me llamo Carlos, Monago y veo las coherentes e Historia
del tren y técnicas experimentales para sistemas biológicos
multiescala.
Mi tesis está dirigida por español,
abrigos del departamento de física, fundamental,
que yo también pertenezco,
y este es una tesis en modalidad presencial
y con dedicación a tiempo completo,
estará presencialidad.
La llevó a cabo en el departamento de física fundamental que estamos
ni parte en la Biblioteca Central de la UNED,
y para este edificio tiempo completo tengo un contrato de formación
del personal investigador del Ministerio de Ciencia.
Se plantea que obtenga la mención internacional en el doctorado,
y para ello haré una estancia en el extranjero
a mediados de mi tercer año o principios del cuarto
y debido a esta mención internacional,
escribiré y defenderé la tesis y bueno yo creo que a raíz del título
de mi tesis surgen dos preguntas.
La primera de ellas es que es el greening.
Pues bien, el training es la descripción de un sistema complejo
dentro del uso de un número reducido de variables relevantes.
Esto significa que básicamente cogemos un sistema complejo,
como es la proteína que tenemos
en pantalla que tiene todos sus átomos y enlaces,
y lo podemos describir de una forma más sencilla.
Por ejemplo, estas bolas rojas que vemos lo que representan es ojo,
un grupo de átomos de la proteína y digo vale,
pues esto es una bola y pasó de todas las posiciones y momentos
que tenía de átomos a solamente el centro de masas y la velocidad,
el centro de masas de la.
Para qué sirve hacer esto?
Para reducir el número de variables
y, por tanto, poder tener un menor coste computacional,
porque es importante el coste de un votacional,
pues en la proteína.
Yo quiero estudiar el sensor de inercia
para el sensor de inercia;
yo necesito singular, muchísimo tiempo
porque quiero hacer la relación de los momentos principales.
Cuando yo tengo la proteína completa esto es prácticamente inviable
porque tengo un paso de tiempo muy pequeño,
tengo que singular tanto tiempo como mi propio tesis.
Entonces, entonces al considerem yo puedo decir la representación
y simular rápidamente y mucha escala temporal, además,
con un equipo muchas variables que, aunque importantes,
no me aportan tanto a nivel global, que es lo que me importa
o es haciendo hincapié,
tiene y puedo entender mejor el comportamiento básico.
El sistema o la forma de mi proteína, su estructura,
ver cómo se mueve por el espacio y dedicarme a eso.
es el coste, el tiempo de.
Se utiliza ampliamente en sistemas biológicos,
proteínas, virus membranas, etc. Pero tiene un problema
y es que, claro, si reducimos variables,
inevitablemente estaremos quitando información al sistema,
una forma luego seguiré con eso.
De momento vamos a pasar a la siguiente pregunta.
Yo creo que es un sistema multiescala, un sistema multiescala
un nombre es un sistema tiene dos o más escalas temporales para ello.
En primer lugar, introducimos el microestado.
Microestado sería la situación de la proteína en todos los átomos,
es la exposiciones y momentos de todos los átomos
de nuestro sistema.
Está exposiciones y momentos,
evolucionan con las ecuaciones.
Aquí estamos en una chica normal y luego tenemos.
El macro Estado se caracteriza por variables.
Creen que son estas variables relevantes
y que son función de los microestados?
Por ejemplo, la representación anterior,
las bolas, el centro de masas,
es función de las posiciones de todas las los átomos.
Para ilustrar esto de la multiescala vais a un ejemplo muy sencillo,
que es una partícula muy masiva sometida a colisiones,
porque están en un solvente que las partículas son muy ligeras.
Aquí lo que pasa es que lo que se mueve,
nuestra partícula masiva, nuestras partículas de solvente
han tenido millones de colisiones, se han movido por todo el espacio;
3, hay dos escalas temporales muy claras, la escala temporal
en la que se nos mueve este objeto masivo,
la escala temporal en la que se está moviendo solvente
y hay una separación de escalas, porque podemos identificarlas
por separado, de forma así visible cuál es el problema?
Esta escala temporal rápida es
la que te limita el tiempo de simulación,
porque tú tienes que usar un paso del tiempo
adecuado para poder resolver este movimiento.
Es lo que ocurre, que este paso de tiempo
va a ser muchísimo más pequeño que un paso de tiempo
que podríamos utilizar.
Si solo tuviéramos esta partícula grande, que estamos estudiando,
entonces lo que podemos hacer es quitar estos grados de libertad
y de nuestras coaliciones moleculares,
que desde el punto de vista de la partícula masiva
son instantáneas les podemos representar
como un proceso de marco; sí; si hacemos esto,
y de una forma así más clara,
acabaríamos llegando a lo que viene a ser la dinámica,
es decir,
tendríamos una partícula masiva sometida en un baño térmico
y cada paso del tiempo se come un golpecito,
le pero un sistema de aún golpecito, unidireccionales.
Se muy inoportuno el espacio y bueno,
esto es básicamente también sería un coste criminal,
y normalmente esto no está tan claro.
La separación de escalas,
para eso tenemos que utilizar las funciones de autorregulación,
que es lo que nos permite verlas ikasten corales buena
ofreciendo toca relación, lo que hace,
es decir, te cuánto tarda el sistema en olvidarse de la información,
cuánto tarda en perder la memoria.
Por ejemplo, en esta partícula tendríamos la relación
de la velocidad de la partícula masiva
y, por ejemplo, la relación de la fuerza que ejerce el solvente
sobre la partícula.
Si representamos, es privemos que una decae en 10 unidades de tiempo
y otra en 1.000.
Aquí hay una clara separación de escalas,
lo que nos hemos olvidado de la fuerza.
La velocidad.
Todavía no nos hemos olvidado nada de su información.
Todo este combinable positiva anterior
nos lleva a la hipótesis principal de mi tesis.
La disipación intrínseca, intrínseca la disipación intrínseca
es la disipación asociada a la información que hemos perdido
al hacer el congreso lo que comentaba al principio,
es decir, cuando hemos pasado de la representación microscópicas
a la macroscópica y hemos reducido los grados de libertad,
hemos perdido información.
Esta información hemos entre comillas perdido.
Entra el sistema en forma de disipación intrínseca,
y el objetivo principal de mi tesis es en sistemas biológicos,
que normalmente no suelen estar en el vacío.
Nunca se ideal.
Están en un solvente,
se nuestros sistemas, este sistema biológico
esta proteína disipan, el solvente energía cinética,
la proteína por la vistosidad, pasar solvente.
Pero nosotros queremos responder a un de preguntas que en realidad
son la misma, que es.
En primer lugar, hay disipación intrínseca
en los modelos, 20 sistemas biológicos,
y la segunda pregunta.
Y realidad, la más importante es esta disipación intrínseca
que hay, si es que existe es relevante
para el sistema en comparación a la disipación,
hidrodinámica y bueno, yo al final de mi tesis
espero haber respondido si a más preguntas.
Gracias.
Esta hipótesis se basa en este artículo
que veis en la diapositiva.
Morisco.
Han.
Si forma he hasta la práctica una virtud y otros muchos artículos
que no me parado enumerar.
Del grupo de investigación que van todos sobre este tema,
de la situación intrínseca
y da validez a la hipótesis de mi tesis,
no voy a decir la metodología uniendo parado,
que bueno, yo no hago experimentos minuto geología,
no es muy complicada, pero bueno, el primer lugar
lo que hago es una búsqueda bibliográfica
extensiva me pongo al día con el estado del arte del campo
de aquí por ejemplo, saco, pues, qué proteínas se suelen utilizar
de caso, si modélico
qué parámetros, estas proteínas, qué tipo de integradores,
por ejemplo, son más fiables y tan mejores propiedades dinámicas.
No tengo toda esta información.
Paso al segundo paso es hacer la simulación de los microestados.
Esto lo hago con un software que se llama
Alan, que es de código abierto,
es ampliamente utilizado en sistemas biológicos,
y el estudio de materiales,
y aquí hago simulaciones de la parte microscópicas
y sacó observables, relevantes, como vienen a ser inercia
el coeficiente de difusión y esta información microscópica
es lo que yo considero.
La información real es la descripción más precisa que yo puedo dar
a estos sistemas.
Estas observables son,
como mi referencia y después hago un congreso,
es decir, el hijo,
unas variables relevantes y crea una nueva representación
del sistema.
Con esta nueva representante del sistema,
con unos códigos sistemas más que elaborado.
Yo a lo largo de lo que llevo doctorado,
a unas simulaciones que creen que claro va mucho más rápido
porque y un tiempo más grande
y vuelvo a obtener los mismos observables
y aquí ya pasó el último paso, que es compromís observables,
miedo microscópicas con mis observables,
metroscópicos y la idea es claro,
obtener una buena compatibilidad entre ambos.
Normalmente a las primeras veces no pasa,
entonces se vuelve a algo.
Al paso anterior modo modificó un poco el modelo.
Conseguir los tópicos y con suerte llegamos a suerte
o más bien mucho trabajo.
Llegamos a una representación que sea adecuada,
acorde a la información, microscópicas,
y el serían resultados por pública.
Todas estas simulaciones el la han sistemas más,
las realizó en un ordenador que me ha proporcionado
el departamento de física fundamental
y en el centro de computación de alto rendimiento de la UNED,
el Cecat, donde ya hago las simulaciones definitivos,
las que serían para pública.
La situación actual de mi tesis es la siguiente.
En primer lugar,
ya me he familiarizado completamente con el campo,
con la literatura tengo ya un dominio bastante bueno
de toda la teoría está involucrada y también he adquirido
un nivel muy alto con los lenguajes de programación que utilizó
y con el software lan.
Cuando entré al doctorado, tenía un nivel más bien bajo,
el dio un grado y ahora ya tengo
un nivel que me permite dedicarme puramente al estudio teórico
de mi tesis, y no tengo que en ningún momento
pararme a refinan serias computaciones
ni ofrecen el desarrollo.
Ahora mismo me encuentro desarrollando dos artículos
de forma simultánea.
En ambos artículos ya he realizado esta simulaciones microscópicas
y tengo mi información relevante y, por así decirlo, la la verdad,
la parte real de mi simulación
y también en ambos sistemas ya ha empezado a realizar modelos,
os greening, simulaciones, microscópicas y obtenidos.
Por lo general estoy teniendo una buena compatibilidad
entre ambos, pero todavía queda trabajo por hacer
y, bueno, uno de los artículos considero que está más
o menos cerca de su fase final porque ya he obtenido
unos resultados, bastante prometedores inconcreto
tenéis y una pequeña muestra y bueno,
en este artículo.
En primer lugar,
vemos que tenemos dos ecuaciones diferenciales estocásticas
muy sencillitas.
La primera es básicamente la evolución de las coordenadas
de mis blogs.
Mis bolas, estamos hablando del mismo artículo
que la proteína que ponía al principio
que tenía unas bolitas rojas y bueno,
misión.
Una ecuación es la evolución.
Del momento.
Tenemos, pues el primer término es una evolución de la fuerza,
o sea, una evolución.
No es la fuerza reversible, que es un sistema de muelles.
Entre los blogs lo tenemos un término de disipación intrínseca,
que es esta información, que yo quiero estudiar,
la que se había perdido.
Si es relevante, o no son esta gama
y luego tenemos un término de disipación,
hidrodinámica muy estándar
en simulaciones término, cama u otro,
y el proceso de vino, que es lo interesante de este artículo.
Bien, en primer lugar, aunque yo sé que los parámetros
son, por ejemplo, camo, nuestros estantes del muelle,
las dos gamas son fricciones.
Yo sé lo que es una a nivel teórico,
pero yo no tengo ni idea de qué valor tiene este método.
Este artículo mediante un método autóctono
mediante, me ajusta a estos valores en su valores reales
y esto se hace mediante la copla en estas ecuaciones diferencias.
Estocásticas de otra ecuación,
estocásticas pues una para Kambu nuevo, otra para cama
básicamente una ecuación,
para recaudar de parámetros y con esto mediante auto promedio,
se ajusta a los valores, a lo que es el valor real
y es muy interesante que tiene este modelo
y muy importante.
Es que el modelo nos garantiza perdón
el modelo la teoría nos garantiza por construcción
que si modelos buenos y mis variables relevantes
y mi adscripción del sistema es, algo, es bueno,
el método asegura que tienen que coincidir.
Las o tocas, relaciones microscópicas
y microscópicas, esto se debe a que en el medio yo estoy auto,
pero mediando sobre funciones de autorregulación que como he dicho
nos daban esta información, han crucial de la memoria,
los sistemas reales y nuestra gráfica de la derecha
tenemos una autocorrección de la velocidad normalizada.
Para el sistema de la proteína que os he puesto al principio,
la línea roja es la parte microscópica,
lo que viene a ser la parte más un sistema simulado
con todos los átomos y lo tenemos la línea azul,
que es la metroscópicos,
una representación con unos cuantos blogs,
como podéis ver si capta muy bien, por lo general la dinámica,
pero en este trozo entre 300 o 400 centros segundos
me falta captar un poquito mejor,
está auto correlación y es por lo que el artículo nuestra
terminado, porque estoy modificando este término
gama los blog, para ver si como una un mejor modelo
capto.
Me foresta y bueno me voy de tiempo,
pero para no entretenerme, mucho más, paso ya lo último, que es
otras actividades que realizan el doctorado.
Bueno, conmigo, un trato etc;
y yo puedo dar 60 horas de docencia al año
y en los dos años que puede dar docencia estoy anterior las he dado
en la asignatura mecánica clásica es del grado de física,
de segundo año, primer cuatrimestre,
dentro de lo que me permite la normativa,
pues a o todo lo que me permite que es responder foros,
proponer ejercicios y resolver ejercicios
y también planeo.
En el tercer año seguir dando docencia en la misma asignaturas,
soy asistido a tres congresos.
El primero de ellos fue online, el congreso;
de un software que se llama expreso
que fue en octubre de 2000 veintidos,
justo cuando acababa de empezar y me sirve un poquito
como introducción a este tipo de software de simulación de dinámica
molecular de sistemas biológicos, de materia blanda y bueno,
estuvo bien pan a un primer contacto;
después fui al congreso bolsín;
2000 veintitres es una escuela de invierno, de dos semanas;
en Ámsterdam,
donde ude atender a charlas de investigadores de primer nivel
en mi campo;
y también había talleres práctico
sobre cómo simular estos sistemas que me interesa;
y también es bueno empezar a establecer contacto
con un montón de doctorandos europeos de mí misma área de investigación;
y por último, estuve en el año pasado en agosto,
en el ocho de que es el software que he dicho.
La dinámica microscópica es de la pandemia solo online,
así que tuve que ir online;
y bueno,
fue también un ocho de dos semanas muy interesante
de cómo simular un montón de sistemas biológicos y nuevas técnicas
están desarrollando que son punteras del campo.
Por último,
también asisto a todos los seminarios de la sección de Física de la UNED,
que un poco realizándose de octubre de 2000 veintitres,
y que, bueno, animo a cualquier persona
Facultad de Ciencias porque podéis ir presencial y online,
y yo, en cuanto a lo mejor ese modelo que se acabó de enseñar.
Aquí espero dar un seminario sobre esto sí que espero allí
y con esto determinado.
Muchas gracias.
Vale, Muchas gracias.
No sé si alguien tiene alguna cuestión.
Alguna pregunta.
Una pregunta.
El las proteínas que usáis son diferentes
o seleccionan proteínas concretas concretas.
Cuando dice.
En esto del método tamaño la metodología estuve básicamente
buscando más artículos científicos de gente
que hacen modelos más menos.
Viendo cuáles son las proteínas más típicas crimen a Boing,
pancreatitis trips inhibitorio todas estas.
Entonces además quiero proteínas más o menos pequeñas.
Al principio para mí es hacer un modelo
que vaya más rápida simulación probar rápidamente si esto funciona,
y luego ya espero pasarme alguna proteína, sin muy grande
las niñas y estereotipos,
pero quiero tener criterio que tenéis para seleccionar
las cuáles son aquellas pequeñas,
pero es que el concepto de pequeña no es lo mismo,
aprende afilar una corregular.
Entonces la estructura que van a tener es completamente distinta.
La disposición de los aminoácidos va a ser distinta.
Entonces quiero decir dormido.
Lo que yo buscaba en ese momento en el momento
y ahora es una proteína con pequeña me refiero al número de átomos,
es decir, que tuviera un.
Esta tiene 892 átomos, incluyendo los átomos de hidrógeno.
Quería una proteína que tuviera pocos átomos
para poder hacer un coche.
El ayuntamiento pequeñito.
Luego quería que tuviera una forma más o menos que no fuera asimétrica,
para que los tres ejes principales del momento, inercia sean distintos
y que tampoco tuviera fue holding ni nada.
Querían hablando mal y plantó dinero,
dinero un poco como un ladrillo, por así decirlo,
o sea, una forma señor estoy interesado tanto en ahora mismo
en una primera instancia artículos.
Yo quería un objeto que se comporte más o menos, como otros,
que ya se han estudiado en mi grupo,
objetos que eran biológicos cara para barajan para tu asaja
la datamos.
Vale?
Entonces Ibn aminoácidos segunda laminación.
Con se va a tener distintos átomos.
Si un número distinto de datos nos entonces me dice
que tenía 892 átomos.
Eso en cuanto a los aminoácidos,
que traduce ahora mismo, hay memoria es
que para la protección, por ejemplo, creo que es un poco a lo mejor
a lo que estás.
Hay, por ejemplo, metros de que es poner que una aminoácidos
sea una Google en el hueso.
Yo tengo un método que es una mente por la forma,
por el espacio.
Esa es una especie de celebración de boro.
No hay que lo que hace es ponerme las bolas, salvo las vips,
acorde a la forma que tienen la proteína humo.
Yo estoy de hecho interesado en propiedades
más asociadas a una forma clara para lo que ha tenido.
Tienen Singh, que pueden ser similar.
Puede ser regular,
pueda estar interaccionando a distintas formas.
Entonces espacio tienen distintas estructuras
de la proteína, tú tienes la secuencia, pero luego,
como sabes cuál es la estructura tridimensional de esa proteína,
la saca de las bases de datos,
o el prototipo.
Es mal uso de lo que se usa para hacer.
Luego el lo que es la estructura, digamos tridimensional, sí vale,
porque hay gente.
Le recomiendo,
porque no es lo mismo una proteína membrana, con una proteína soluble,
que una proteína que está formando estructuras de distinto tipo.
Complace.
Entonces, por eso te digo que cuando habla de proteínas,
que da una idea que es muy general,
pero luego, hombre, hace hay mucha variedad de proteína,
y entonces a la hora de hacer esto, si vas a tomos, pues hay,
pues lo mismo una que se ha ido homófoba con haberse ido los fila.
Entonces, era un poco.
Por es male, muchas gracias, vamos a pasar al siguiente,
es decir, ni a Boronat Castaños,
hallazgo de dejar de compartir caso han sido, sí; perdón,
ahora lo gracias.